Susunan organisasi dan tata kerja BKD ditetapkan sesuai dengan kebutuhan daerah. Secara garis beras unsur-unsur yang harus ada menurut Keputusan Presiden RI Nomor 159 Tahun 2000 Tentang Pedoman Pembentukan BKD antara lain Kepala, Sekretariat, Bidang, dan Kelompok Jabatan Fungsional. Adapun susunan organisasi BKD Kabupaten Tulungagung yang terbaru diatur dalam Peraturan Bupati Tulungagung Nomor 69 Tahun 2016 tentang Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Badan Kepegawaian Daerah Kabupaten Tulungagung yang terdiri dari :
1) Kepala Badan ;
2) Sekretariat, membawahi:
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
- Sub Bagian Keuangan
- Sub Bagian Perencanaan
3) Bidang Pengadaan dan Pembinaan ASN, membawahi:
- Sub Bidang Formasi dan Pengadaan ASN
- Sub Bidang Pembinaan Disiplin ASN
- Sub Bidang Fasilitasi Jabatan Fungsional dan Profesi ASN
4) Bidang Mutasi dan Pensiun Pegawai, membawahi:
- Sub Bidang Mutasi
- Sub Bidang Kepangkatan
- Sub Bidang Pensiun
5) Bidang Pengembangan Kompetensi dan Penilaian Kinerja membawahi:
- Sub Bidang Pendidikan, Pelatihan, Penjenjangan dan Sertifikasi
- Sub Bidang Pendidikan dan Pelatihan Teknis Fungsional
- Sub Bidang Penilaian Kinerja
6) Bidang Dokumen, Pengolahan Data dan Informasi Kepegawaian, membawahi:
- Sub Bidang Fasilitasi Dokumen Kepegawaian.
- Sub Bidang Pengolahan Data;
- Sub Bidang Informasi dan Komunikasi
7) Kelompok Jabatan Fungsional
Susunan organisasi di atas dapat digambarkan menjadi sebuah diagram struktur organisasi untuk menunjukkan kedudukan hirarkis masing-masing unsur sebagaimana Gambar berikut.